感染幽门螺杆菌后少有自发清除，因此慢性胃炎常长期持续存在，但多数患者无症状。少部分慢性浅性胃炎可发展为慢性多灶萎缩性胃炎，后者常合并肠化生。极少数慢性多灶萎缩性胃炎经长期演变可发展为胃癌，流行病学研究显示，慢性多灶萎缩性胃炎患者发生胃癌的危险明显高于普通人群。
由幽门螺杆菌感染引起的胃炎约15%～20%会发生消化性溃疡，以胃窦炎症为主者易发生十二指肠溃疡，而多灶萎缩者易发生胃溃疡，前者极少发生胃癌，而后者发展为胃癌的危险性增加。幽门螺杆菌感染引起的慢性胃炎还偶见发生胃粘膜相关淋巴组织淋巴瘤者。在不同地区人群中的不同个体感染幽门螺杆菌的后果如此不同，被认为是细菌、宿主 （遗传） 和环境因素三者相互作用的结果，但对其具体机制至今尚未完全明了。